Ukryte pliki i foldery często zawierają dane systemowe, pliki konfiguracyjne aplikacji lub tymczasowe pliki robocze. Są domyślnie ukrywane, aby zapobiec przypadkowym zmianom, które mogłyby wpłynąć na stabilność systemu. W katalogach użytkownika mogą znajdować się również ukryte pliki konfiguracyjne aplikacji, zawierające ustawienia personalizacyjne, logi czy klucze dostępu.